水刀切割機在切割時，根據數控指令切割所行走的軌跡路線是理論尺寸，實際切割下來尺寸會存在一點偏移，這是因為切割時存在割縫，割縫是切割時損耗的部分，因此如果不進行幾何尺寸補償，實際切割下來的零件尺寸外輪廓部分長度方向會變小內輪廓尺寸會變大（雙邊剛好相差割縫寬度，單邊相差割縫的一半）。
    比如我們要切割一個φ100mm的圓形工件，水束直徑為φ1m，那么水刀的切割軌跡則按照一個直徑為φ101mm的圓形軌跡切割（切割運動軌跡是切割水束中心所走過的軌跡，CAD/CAM軟件里生成的G代碼所表明的運動坐標，就是切割運動軌跡的坐標），而不是φ100mm的圓；如果運動軌跡為φ100mm的話，最終切割出來的工件的直徑只有φ99mm，周邊比要求的φ100mm小了一個切割半徑（即切割水束的半徑）。為了補償這少掉的切割半徑，在CAD/CAM軟件里需要將運動軌跡在工件尺寸的基礎上再加一個切割半徑（如果是切割孔，則應減去一個切割半徑），即所謂半徑補償，以便最終能加工出和要求尺寸相一致的加工件。

    設置割縫補償方面需注意以下幾點：1、設置了軟件補償以后一般不需要在數控系統上補償，否則補償重復尺寸就又會出現偏差了。但如果軟件補償在切割下來后尺寸還差一點，可以通過數控系統再補償。2、如果通過數控系統補償，則應在軟件中把補償量設為零。3、如果不能確定應該補償多少尺寸，可以在廢料上割一個矩形，測量實際尺寸和編程尺寸計算出需要的補償量。4、數控系統在處理小圓弧的補償時比較困難，如果圓弧比補償半徑還小是切割不出來的，更不能正確補償（理論上半徑變成負數），對這種情況應該考慮修改零件圖，或者考慮采用軟件補償以便及時發現問題。

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